وإن تفسیر القرآن الکریم عمل بحثي شاق ویحتاج إلی الوقت وهناك من عمل کل حیاته حتی إستطاع کتابة تفسیر کامل للقرآن الکریم ومن الذین بدؤوا بتفسیر القرآن کان "السید مصطفی الخمیني(رض)" نجل مفجر الثورة الإسلامیة في إیران الإمام روح الله الخمیني(ره).

وکان الفقید السید مصطفی الخمیني عبقریاً في العلم والدراسة وعمل علی تفسیر القرآن الکریم حیث کتب تفسیراً علی سورة الحمد المبارکة ومطلع سورة البقرة المبارکة في خمسة مجلدات.

وکان نجل الإمام الخمینی (ره) مجتهداً شیعیاً تلمذ علی أیدي کل من آیة العظمى الله "البروجردي"، و"آية الله السید محمد محقق داماد"، و"آية الله العظمى السید محمد حجت کوه کمره‌اي"، و"آية الله العظمى السيد الخوئي".

وإتخذ السید مصطفی الخميني النهج الإجتهادي فی تفسیر القرآن الکریم حیث یعتبر البحث والإجتهاد من أسس التفسیر الذي یتبع أسلوباً خاصاً في الإستناد والإستنباط.

وفي هذا السياق، قال زميل السيد مصطفى الخميني "سيد محمد موسوي بجنوردي" إنه لو اكتملت كتابة هذا التفسير، فسيكون فريداً في العالم الشيعي، مبيناً أن أهم ما يميز هذا التفسير عن غيره من التفاسير القرآنية هو شموليته.

كان السيد مصطفى الخميني مثل والده بارعاً في الفقه والأصول والعرفان والأخلاق والفلسفة والأدب العربي وسائر العلوم الإسلامية حيث كتب تفسيره بهذا المنهج الشامل، وقام بدراسة كل آية من مختلف زوايا العلمية والمعرفية.

وقد تبنى السيد مصطفى الخميني في تفسيره ""مفتاح أحسن الخزائن الإلهیة"  الاجتهاد المطلق.